Алтайская Духовная миссия не была первой по времени учреждения Миссией Русской Православной Церкви в Сибири, не была она и самой большой по многочисленности паствы или по протяженности территории, на которой действовала. Но она была признана лучшей и образцовой среди всех других Миссий, действовавших в пределах Российской империи в XIX — начале XX века, как наиболее приблизившаяся к идеалу православного миссионерства.
В 1828 году Святейший Синод издал указ об учреждении Алтайской Духовной Миссии. Первым алтайским миссионером и организатором Духовной Миссии стал преподобный Макарий (Глухарев) — ученый архимандрит, один из самых выдающихся миссионеров Русской Православной Церкви за всю ее многовековую историю.
На Иркутском миссионерском съезде 1910 года Алтайская Духовная Миссия была названа «образцом и руководителем» для других Миссий, потому что воспитала целую плеяду миссионеров-подвижников для Алтайской Миссии и для других Духовных Миссий Русской Православной Церкви, потому что православное просвещение народов Алтая и Горной Шории совершалось алтайскими миссионерами в духе евангельской кротости и было подлинно апостольским служением. Духовно-просветительная деятельность Алтайской Миссии была настолько впечатляющей, что некоторых алтайских миссионеров современники еще при жизни именовали равноапостольными или даже апостолами Алтая.
Материалы из фондов Миссии свидетельствуют о том, что алтайские миссионеры не только проповедовали Божественное Евангелие людям, еще не познавшим Христа, и тысячи язычников привели к истинному Богу, не только устраивали миссионерские станы, открывали храмы и монастыри, но они создали письменность для народов Алтая и Горной Шории, одарили их первыми книгами на родном языке, устроили школы и библиотеки, лечили своих подопечных, защищали их от самоуправства злых чиновников и нечистых на руку торговцев, обучали ремеслам и огородничеству, знакомили с русской культурой и благодаря бережному отношению к языку и национальным традициям коренных жителей Алтая и Горной Шории содействовали становлению их национальной культуры. Следует сказать, что все первое поколение алтайской и шорской интеллигенции — учителя, врачи, писатели, художники были исключительно воспитанниками миссионерских школ, или детьми алтайцев-миссионеров, или бывшими сотрудниками Алтайской Духовной Миссии.
Благодаря деятельности Алтайской Духовной Миссии несколько родственных по языку и обычаям народностей, населявших Горный Алтай, консолидировались, и в XX веке их стали именовать алтайцами. И хотя в истории народов Алтая был небольшой период времени (середина 20-х — конец 40-х годов XX века), когда в противовес всему достигнутому Миссией была предпринята попытка переименовать алтайцев в ойротов, а все алтайское — в ойротское, оказалось, что изгладить укоренившиеся культурно-исторические традиции народа в угоду антицерковным поползновениям невозможно.
Документальные материалы, хранящиеся в фондах Алтайской Духовной Миссии, позволяют проследить ее историю от основания в 1830 году до начала 1919 года. Перед революциями 1917 года Миссия имела 30 миссионерских станов, более 40 церквей, десятки часовен, 84 школы, при каждой из которых была устроена библиотека. Миссия издавала книги на алтайском языке, имела врачебную службу в лице фельдшеров и оспопрививателей-миссионеров, а главное, обладала богатыми миссионерскими традициями, коренившимися в благодатном духовном опыте «незабвенного архимандрита», как называли на Алтае основателя Миссии преподобного Макария (Глухарева).
Сами алтайские миссионеры успех Миссии видели не в количестве алтайцев, приведенных ко святому Крещению, а в доброй христианской жизни новокрещеных. Священник Макарий Абышкин в своих записках искренне отмечал: «Замечательно то, что с поступлением на приход пришлось мне не покладая рук работать над разложившимся приходом пока с внешней стороны. Но я знаю одно изречение, которое гласит так: «Все больше можешь принести пользы человечеству, если будешь заботиться не столько о том, чтобы воздвигать крыши храмов и домов, сколько о том, чтобы возвысить душу каждого человека». Это изречение я не забываю, и я буду постоянно иметь его в виду и работать по его указанию».
Революционными вихрями Алтайская Духовная Миссия, казалось, была уничтожена. Когда нарушилось централизованное управление ею (1920), некоторые миссионеры продолжали служить в своих храмах как обычные приходские священники, а другие разделили участь новомучеников и исповедников российских во время начавшихся страшных гонений на Церковь. В центральном богоборческом журнале «Антирелигиозник» в 1931 году была опубликована «победная» статья под названием «Алтай на пути к безбожию». А к концу 1930-х годов в Горном Алтае были насильственно закрыты все храмы и часовни.
Но не зря до конца дней своих непрестанно молился за родную Алтайскую Миссию, за исповедников-миссионеров и новокрещеную паству алтайскую в Николо-Угрешском монастыре под Москвой святитель Макарий (Невский), получивший от святителя Тихона, Патриарха Московского и всея Руси, в 1920 году титул митрополита Алтайского пожизненно. Находясь за тысячи километров от Алтая, митрополит Макарий рукополагал для алтайской паствы священников, благословлял их труды. В эти годы гонений на Православную Церковь он принимал посланцев из Горного Алтая, давал приют насельникам и насельницам разоренных обителей и со слезами молился с ними, когда они при нем совершали службы на алтайском языке.
В годы гонений на Русскую Православную Церковь репрессиям подверглись и алтайская интеллигенция, и национальная алтайская культура, бережно хранимая миссионерами. Даже буквы алтайского алфавита, созданного на основе кириллицы, было решено заменить латиницей. Однако лучшие алтайские писатели продолжали тайно использовать миссионерский алфавит. В конце 80-х годов XX века почти одновременно с празднованием 1000-летия Крещения Руси начала возрождаться миссионерская деятельность Русской Православной Церкви на Алтае. И если раньше на протяжении ряда десятилетий для того, чтобы окрестить своих детей или помолиться в храме, православным алтайцам необходимо было ехать в Бийск или Новокузнецк, то в настоящее время восстанавливаются существовавшие ранее приходы и в Горном Алтае, и в Шории.
В связи с возрождением православного миссионерства в России важное значение приобретает обращение к благодатному историческому опыту и духовным традициям Русской Православной Церкви. Богатейший опыт миссионерского служения лучших благовестников прошлых времен является неоспоримым свидетельством высокого апостольского достоинства Русской Православной Церкви, о котором так ревновали апостолы Алтая.
Начальники Алтайской Духовной Миссии
1. Архимандрит Макарий (Глухарев).
Возглавлял Миссию с 1830 по 1844 год. Скончался в 1847 году. Причислен к лику святых.
2. Протоиерей Стефан Ландышев.
Возглавлял Миссию с 1844 по 1865 год. Скончался в 1882 году.
3. Архиепископ Владимир (Петров).
Возглавлял Миссию с 1865 по 1880 год в сане архимандрита, с 1880 по 1883 год в сане епископа Бийского. Скончался в 1897 году в сане архиепископа Казанского.
4. Митрополит Макарий (Невский).
Возглавлял Миссию в 1883 году в сане архимандрита, с 1884 по 1891 год в сане епископа Бийского. В 1912 —1920 годах — митрополит Московский. Скончался в 1926 году в сане митрополита Алтайского. Причислен к лику святых.
5. Архиепископ Владимир (Синьковский).
Возглавлял Миссию с 1891 по 1893 год в сане епископа Бийского. Скончался в 1917 году в сане архиепископа Донского и Новочеркасского.
6. Митрополит Мефодий (Герасимов).
Возглавлял Миссию с 1894 по 1898 год в сане епископа Бийского. Скончался в Харбине в 1920 году в сане митрополита.
7. Епископ Сергий (Петров).
Возглавлял Миссию с 1899 по 1901 год в сане епископа Бийского. Впоследствии епископ Сухумский. Скончался в 1919 году.
8. Епископ Макарий (Павлов).
Возглавлял Миссию с 1901 по 1905 год в сане епископа Бийского. С 1905 года епископ Якутский.
9.Епископ Иннокентий (Соколов).
Возглавлял Миссию с 1905 по 1919 год в сане епископа, с 1919 по 1923 год в сане архиепископа Бийского. С 1923 по 1926 год, находясь под Москвой, совместно с митрополитом Алтайским Макарием управлял делами Миссии. Скончался в 1937 году.